Bei Unwetter, das eine Gefährdung für den sicheren Eisenbahnbetrieb darstellt, wird der Verkehr eingestellt. Das betrifft vor allem die Dagebüller Mole bei Überflutungen mit einer bestimmten Pegelvorhersage. Die Endhaltestelle ist dann unser Sturmflut-Bahnhof Dagebüll Hafen. Die Oberleitung wird u.a. dann selektiv ab dem Fluttor abgeschaltet.
Oberleitungsanlagen sind im Allgemeinen sehr betriebssicher. Die bekannten Störungen aus der Presse sind häufig durch Baumeinschläge begründet. Entlang der neg-Strecke stehen vergleichsweise wenig Bäume, und die Mehrzahl davon im dichter bebauten Ortsgebiet, wo umstürzende Bäume bislang sehr selten vorgekommen sind. Im Zweifelsfall wäre der Betrieb dann sowieso unterbrochen, bis der Baum aus dem Gleis entfernt ist – mit oder ohne Oberleitung.
Sollte es zu seltenen Ausfällen kommen, wird – wie auch heute schon – ein Schienenersatzverkehr eingerichtet.
Alle Bedarfshalte bleiben erhalten und können weiterhin als neg-Nahverkehrsverbindungen genutzt werden.
Gegenwärtig verkehren zwischen Oster- und Herbstferien sowie in den Winterferien vier IC-Zugpaare am Tag mit Niebüll, in der Nebensaison teilweise nur an Wochenenden. Erstmalig zu Sommer 2021 wird an den Wochenenden Juli – September auch ein fünfter IC durch die DB Fernverkehr angeboten, in diesem Fall aus München via Frankfurt.
Das Angebot der neuen Talgo-IC-Züge ist gegenwärtig noch in Planung.
Das Ziel der Oberleitung ist die Gewährleistung auch zukünftiger IC-Züge. Dabei wird vom gegenwärtigen Fahrplanangebot ausgegangen.